Po powrocie do Polski z zesłania na Syberię Wacław Nowakowski został ponownie przyjęty do zakonu kapucynów, tym razem do prowincji galicyjskiej. Kiedy złożył wszystkie śluby wymagane prawem zakonnym i przyjął święcenia kapłańskie z rąk biskupa Albina Dunajewskiego, nadszedł dla niego szczególny moment – odprawienie mszy prymicyjnej. Celebracja ta jednak o mało co nie zakończyła się fiaskiem.

Jego imię – Rapha’el – oznacza „Bóg uzdrawia”, „Bóg uleczył”. W Księdze Tobiasza sam siebie przedstawia jako tego, który zanosi modlitwy ludzi przed tron Boży.