Jako reprezentujący Chrystusa nawigator dobrze znał mapę mielizn i niebezpiecznych głębin duchowych. Potrafił zapanować nad rozszalałymi falami namiętności i pokus własnych oraz osób uciekających się do niego po ratunek. Co więcej, był w stanie doprowadzić kruche łodzie ich dusz do portu zbawienia.

Ojciec Pio twierdził, że pokora stoi u podstaw właściwego rozwoju duchowego, którego celem jest uświęcenie. Uważał ją za fundament cnotliwego życia, a nawet za cnotę cnót. Wbrew powszechnej opinii uczył, że warto ćwiczyć się w upokorzeniu i je pokochać, ponieważ znacząco uszlachetnia ono duszę.

Miłość Ojca Pio do Dzieciątka Jezus była zakorzeniona w duchowości franciszkańskiej. Podobnie jak św. Franciszek z Asyżu odczuwał on silną więź z ubogim i pokornym Chrystusem, którego adorował, nad którym rozmyślał i którego celebrował w tajemnicy Eucharystii. Tak jak asyski patriarcha miał dwie fascynacje w swoim życiu: narodzenie Jezusa i mszę świętą.