Ojciec Pio mocno wierzył w świat nadprzyrodzony i w Kościół składający się zarówno z żyjących, jak i ze zmarłych, którzy dostąpili chwały nieba albo w czyśćcu doznają bolesnego oczyszczenia po śmierci. Był głęboko przekonany, że te trzy stany wzajemnie się komunikują, wspierają i na siebie oddziałują.

Wiele osób kierowanych Bożym natchnieniem prosiło Ojca Pio o duchowe prowadzenie. Bywało jednak i tak, że to sam Bóg pozwalał mu poznać stan duszy nieznanej mu dotąd osoby na długo wcześniej, niż ona sama poprosiła go o kierownictwo.

W wyobraźni ludzi istnieje wiele sposobów przedstawienia Ojca Pio. Widzi się w nim cudotwórcę, proroka, ofiarę instytucji kościelnych, świątobliwą osobę oddaną najbliższym, ojca tych, których znał osobiście. Jeśli natomiast pogłębi się znajomość prawdziwego Ojca Pio, który wyłania się przede wszystkim z lektury jego korespondencji z kierownikami duchowymi oraz z osobami, które on sam prowadził, odkrywamy odmienną osobowość, prawie zupełnie nieznaną – mistyka najwyższego poziomu.