Ojciec Pio twierdził, że konfesjonał jest „tronem, na którym zasiada Boży Majestat”, dlatego spowiedź traktował niezwykle stanowczo i poważnie, szafując łaską Bożego Miłosierdzia z wielką odpowiedzialnością i roztropnością.

Ojciec Pio dobrze wiedział, że natura ludzka po zlekceważeniu w raju przez człowieka słowa Boga, a następnie zabiciu Abla przez Kaina, jest wciąż taka sama. To prawda, że jesteśmy stworzeni na obraz i podobieństwo Boga, na obraz i podobieństwo Miłości (za którą całe życie tęsknimy), ale obraz ten został w nas zniekształcony, a podobieństwo zamazane przez grzech. Wyszliśmy z łona Miłości, ale jesteśmy zranieni przez zło. Sami je czynimy i ono zewsząd nas atakuje. Starał się zatem dopomóc innym w odniesieniu zwycięstwa w tej odwiecznej walce.

Ojciec Pio mocno wierzył w świat nadprzyrodzony i w Kościół składający się zarówno z żyjących, jak i ze zmarłych, którzy dostąpili chwały nieba albo w czyśćcu doznają bolesnego oczyszczenia po śmierci. Był głęboko przekonany, że te trzy stany wzajemnie się komunikują, wspierają i na siebie oddziałują.