Ojciec Pio twierdził, że pokora stoi u podstaw właściwego rozwoju duchowego, którego celem jest uświęcenie. Uważał ją za fundament cnotliwego życia, a nawet za cnotę cnót. Wbrew powszechnej opinii uczył, że warto ćwiczyć się w upokorzeniu i je pokochać, ponieważ znacząco uszlachetnia ono duszę.

Miłość Ojca Pio do Dzieciątka Jezus była zakorzeniona w duchowości franciszkańskiej. Podobnie jak św. Franciszek z Asyżu odczuwał on silną więź z ubogim i pokornym Chrystusem, którego adorował, nad którym rozmyślał i którego celebrował w tajemnicy Eucharystii. Tak jak asyski patriarcha miał dwie fascynacje w swoim życiu: narodzenie Jezusa i mszę świętą.

Bóg obdarzył Ojca Pio nadzwyczajnym darem osmogenezy. Emanował od niego przyjemny zapach o różnej intensywności i woni, który był odczuwany nie tylko przez pojedyncze osoby, ale nawet tłumy ludzi w tym samym czasie. Nie odznaczał się on jednak trwałością, gdyż jak nagle się pojawiał, tak też i znikał, tylko niekiedy z nieznanych przyczyn utrzymywał się znacznie dłużej, nawet latami.