Uzdrawiał ludzi. Posiadał dar bilokacji i proroctwa. Czytał w ludzkich sercach. Mówił w nieznanych mu językach. Nawracał grzeszników. Z jego ran wydobywał się zapach fiołków. Jako stygmatyk Ojciec Pio otrzymał wiele darów. Jednak to nie nadprzyrodzone charyzmaty, które przyciągały rzesze ludzi, tylko przemieniająca miłość do Boga i heroiczność cnót przesądziły o jego świętości. W tym roku mija dwadzieścia pięć lat od czasu, gdy został ogłoszony błogosławionym.

Wobec nieuchronnej operacji pacjentka jeszcze natarczywiej poprosiła Ojca Pio w myśli: „Ty bądź moim chirurgiem. Ty mnie zoperuj!” Po kilku godzinach odczuła jego cudowną obecność. Poczuła, że ktoś przecina jej szyję. Została zoperowana wirtualnie przez Ojca Pio. Lekarze stwierdzili, że z medycznego punktu widzenia jest zdrowa i rzeczywiście została uzdrowiona. 

W dniu śmierci Ojca Pio z Pietrelciny postulator generalny udał się do San Giovanni Rotondo w celu złożenia hołdu zmarłemu. W zdumienie wprawił go tłum wiernych, który przesuwał się w modlitwie przed ciałem zmarłego. Oznaczało to, że opinia świętości, jaką Ojciec Pio cieszył się za życia, potwierdziła się przy jego śmierci. Postulator pomyślał o procesie beatyfikacyjnym, ale postanowił odczekać pięć lat, by sprawdzić, czy opinia świętości będzie wzrastać, czy też słabnąć.