Zmiana wyglądu, a nawet umiejscowienia stygmatów Ojca Pio opisana w kolejnych sprawozdaniach lekarskich nasuwa wiele pytań. Jak wyjaśnić te różnice? Czy mają one związek z ostatecznym zniknięciem stygmatów z ciała Ojca Pio? Przypomnijmy, że nie zostawiły one po sobie nawet drobnej blizny.

Helikopter wiozący figurę fatimskiej Madonny oddalał się już od San Giovanni Rotondo, kiedy drugi pilot niespodziewanie poprosił, by zawrócić i wykonać jeszcze trzy okrążenia nad klasztorem jako znak pozdrowienia dla Ojca Pio. Właśnie w tym momencie, jak przekazują świadkowie, Ojciec Pio poczuł dreszcz na całym ciele i wykrzyknął do współbraci: „Zostałem uzdrowiony...!”.

Rodzice Ojca Pio byli analfabetami jak większość mieszkańców południowych Włoch w tym czasie. Posłali do szkoły publicznej swego najstarszego syna, Michele, ale ten chyba nie chodził na lekcje zbyt pilnie (w końcu koło domu i w polu ciągle była jakaś robota) i przez dwa lata nie nauczył się nawet czytać.