Świątynia klasztorna to mały, jednonawowy kościół, bezpośrenio przylegający do konwentu. Wybudowano ją w 1540 roku, wkrótce po osiedleniu się kapucynów w San Giovanni Rotondo. 5 lipca 1676 roku została konsekrowana i otrzymała tytuł Matki Bożej Łaskawej. W XIX wieku popadła w ruinę, co wiązało się z dwukrotną kasatą klasztoru. W 1909 roku zakonnicy odzyskali klasztor, a siedem lat później przybył doń Ojciec Pio.

Przez 52 lata w tej świątyni Ojciec Pio spowiadał i odprawiał Eucharystię. Często modlił się przed słynącym łaskami wizerunkiem Matki Bożej, przez jej wstawiennictwo polecając Bogu swe cierpienia oraz dziękczynienia i prośby innych.

Z powodu licznie napływających do San Giovanni Rotondo wiernych w latach 50. obok dawnego zakonnego kościółka wzniesiono współczesną bazylikę. Jest ona dziełem architekta Giuseppe Gentile. Również ją dedykowano Matce Bożej Łaskawej podczas konsekracji 10 lipca 1956 roku.

Także ta świątynia okazała się zbyt mała dla przybywających pielgrzymów, dlatego w 1993 roku rozpoczęto przygotowania do budowy trzeciego kościoła.

Kiedy po kanonizacji Ojca Pio niewielki klasztor w San Giovanni Rotondo stał się jednym z najliczniej odwiedzanych sanktuariów świata, konieczne stało się wybudowanie dysponującego odpowiednią przestrzenią kompleksu zabudowań sanktuaryjnych. Jego uroczyste otwarcie nastąpiło 1 lipca 2004 roku.

Nowy kościół, wybudowany wg projektu jednego z najsłynniejszych wspóczesnych architektów, Renzo Piano, zadziwia swoją nowoczesną i oryginalną formą. Można nawet mieć wrażenie, że owo estetyczne zauroczenie na początku dominuje w uczuciach pielgrzymów. Jednakże to przejściowy stan, który z czasem mija, ustępując miejsca wyciszeniu i otwarciu się na duchową atmosferę sanktuarium. Kiedy jego mury i kamienne konstrukcje ochłoną ze swej nowości i sensacyjnej oryginalności, zaoferują strudzonemu pielgrzymowi ustronne i wyciszone miejsca modlitwy i skupienia, w których może w spokoju serca zanurzyć się w modlitwie, w duchowej obecności Ojca Pio.

Informacje o godzinach otwarcia poszczególnych miejsc w sanktuarium i muzeum oraz o zasadach funkcjonowania Biura Pielgrzyma.